Die geographische Lage an einem Übergang über die einst bis zu einem Kilometer breite Fluss- und Sumpflandschaft der Aue hatte großen Einfluss auf die Entwicklung des Ortes. Bleckenstedt war über viele Jahrhunderte hinweg vermutlich ein Knotenpunkt wichtiger Fern- und Regionalverbindungen.
Überregional bekannt wurde Bleckenstedt Ende des 15. Jahrhunderts durch eine Fehde, die als Schlacht bei Bleckenstedt in die Geschichte einging: 1492 eskalierte ein Streit zwischen der Stadt Braunschweig und Herzog Heinrich um die Bestätigung der städtischen Privilegien und eine Anerkennung der herzoglichen Machtansprüche. Im Februar 1493 trafen die von den Braunschweigern zur Unterstützung angeforderten Truppen aus Hildesheim bei Bleckenstedt auf die herzoglichen Streitkräfte, die im Kampf unterlagen.
Der Bau der Reichswerke Hermann Göring in unmittelbarer Nachbarschaft von Bleckenstedt war im Wortsinne ein tiefer Einschnitt für die Einwohnerinnen und Einwohner des Dorfes. Die Verbindungen zu den Nachbargemeinden im Osten von Bleckenstedt wurden durch den Bau des Stichkanals zerschnitten, Straßen endeten plötzlich an der Kanalböschung. Ackerflächen der enteigneten und umgesiedelten Bleckenstedter Landwirte wurden zu einem Gutsbetrieb zusammengefasst, landwirtschaftliche Flächen am Westrand Bleckenstedts in eine Großgärtnerei umgewandelt.
Ende der 1950er Jahre begann die Gewerkschaft Konrad bei Bleckenstedt mit dem Bau eines Bergwerkes, um die unter Tage liegenden Erzvorkommen abzubauen. Fast sieben Millionen Tonnen Eisenerz sind auf Schacht Konrad, dem jüngsten ehemaligen Eisenerzbergwerk auf dem Stadtgebiet, gefördert worden, ehe sich die wirtschaftliche Lage für die inländischen Erze Anfang der 1970er Jahre verschlechterte und der Betrieb deshalb zum 30. September 1976 eingestellt wurde. Heute ist Schacht Konrad im Eigentum des Bundes, der das einstige Bergwerk als Endlager für schwach- und mittelradioaktive Abfälle umbauen lässt.
Der Stadtteil Bleckenstedt liegt am Westufer des Stichkanals, direkt an der Industriestraße Nord. Er ist das südlichste der vier Kanaldörfer. Nachdem die Großgärtnerei 1963 ihre Pforten für immer schloss, entstand Anfang des 21. Jahrhunderts auf einer Teilfläche des ehemaligen Betriebes das Neubaugebiet „Alte Gärtnerei“.
Seit Juni 2024 erinnert eine Geschichts- und Erinnerungstafel auf dem Friedhof an die Toten des Bombenangriffs vom 29. März 1945 und der Kämpfe während der Befreiung am 11. April 1945.