Aus Sicht des Naturschutzes ist von Bedeutung, dass durch die bedrohliche Ausbreitung der Herkulesstaude eine Gefährdung anderer wildlebender Pflanzenarten verbundenen ist. Durch die außerordentlich starke Konkurrenzkraft und das teilweise massive Vordringen kommt es zu einer Verdrängung und vollständigen Veränderung der vorhandenen Pflanzenbestände. Schon innerhalb kurzer Zeit überwuchert die Staude alle unterlegenen Arten und bildet eindrucksvolle Dominanzbestände, was vor allem in Bereichen mit seltenen und ohnehin bedrohten Arten und Lebensgemeinschaften mit großer Sorge verfolgt wird. Zusätzliche Probleme treten auch an Gewässerrändern auf, wo neben der Verdrängung von typischen heimischen Ufergehölzen und Hochstauden eine verstärkte Erosion zu beobachten ist. Und selbst die Landwirtschaft ist betroffen, wenn Herkulesstauden in Äcker, Wiesen und Weiden eindringen und dort zum Teil schon zu Ertragsverlusten führen.