W przypadku opuszczenia wspólnoty religijnej pobierającej podatki, obowiązek płacenia podatku kościelnego jako dodatku do podatku dochodowego lub podatku od wynagrodzenia (podatek kościelny od wynagrodzenia) nie ma już zastosowania zgodnie z przepisami dotyczącymi podatku kościelnego w krajach związkowych. Pracodawca nie musi już zatem potrącać podatku kościelnego z wynagrodzenia pracownika i odprowadzać go do urzędu skarbowego przy każdej wypłacie wynagrodzenia jako dodatek do podatku od wynagrodzeń. Odpowiednia procedura anulowania odliczenia kościelnego podatku dochodowego jest w dużej mierze zautomatyzowana. Co do zasady, po złożeniu oświadczenia o rezygnacji nie trzeba zatem robić nic więcej, aby wywiązać się z obowiązku zapłaty podatku kościelnego.

To, w jaki sposób i z jakim upoważnieniem należy zadeklarować wystąpienie z kościoła, jest różnie regulowane przez prawo stanowe. Przynależność kościelna jest rejestrowana przez organy rejestracyjne krajów związkowych i tylko one mogą ją zmienić. Organy podatkowe nie mają na to wpływu. Jest to ważne na przykład w przypadku, gdy urzędy mają nieprawidłowe dane.

Organy rejestracyjne informują Federalny Centralny Urząd Skarbowy (BZSt) o wszelkich zmianach w przynależności kościelnej i odpowiedniej dacie. BZSt przechowuje elektroniczne funkcje odliczeń od podatku od wynagrodzeń (ELStAM) w bazie danych. Przechowywane dane obejmują również funkcje odliczania podatku kościelnego.

BZSt bezpłatnie udostępnia ELStAM pracodawcy do automatycznego pobierania. ELStAM ma decydujące znaczenie dla potrącania podatku kościelnego przez pracodawcę w procedurze odliczania podatku, tj. pracodawca jest nim związany i nie musi sprawdzać kwestii zobowiązania z tytułu podatku kościelnego.