Niedersächsische Tierseuchenkasse wypłaca odszkodowanie finansowe za straty zwierząt spowodowane chorobami zwierząt oraz za straty zwierząt, które wystąpiły w ramach urzędowo zarządzonych środków zwalczania chorób zwierząt. Kasa pokrywa również koszty uśmiercenia zwierząt, jeśli uśmiercenie zostało nakazane na podstawie przepisów dotyczących chorób zwierząt. Odszkodowanie za straty zwierząt ma na celu zachęcenie do współpracy w zwalczaniu choroby i zmniejszenie strat ekonomicznych.

Połowa środków finansowych na odszkodowania pochodzi z Funduszu Chorób Zwierząt i pochodzi ze składek właścicieli zwierząt gospodarskich. Drugą połowę pokrywa kraj związkowy Dolna Saksonia lub Brema. W przypadku niektórych chorób, takich jak pomór świń, ptasia grypa lub pryszczyca, UE zazwyczaj również uczestniczy w kosztach.