Топоним Беттинген први пут се јавља у регистру имања манастира (Кодекс Еберхардy), који је саставио фулдски монах Еберхард у другој половини 12. века. Научници верују да је документ, чији оригинал није сачуван, сачињен између 780. и 802. године.

У средњем веку и раном модерном периоду Беддинген је играо важну улогу као седиште суда у округу Волфенбјутел, који је био надлежан за нешто мање од 20 околних села. На судским заседањима која су се одржавала неколико пута годишње у Бедингену, разматрани су прекршаји обавезне ротације усева, кршења прописа о ватри и крађе, као и грађанска питања попут брачних уговора и уговора о продаји.

Записи у пописним регистрима о наслеђивању из 16. века пружају први увид у то како је Бединген био организован у то време. Са четири оранице, три полукоњска имања и 52 мала газдинства, Бединген је био једно од већих села у округу Волфенбјутел.

Пошто су међургионални путеви и железничке пруге крајем 19. века пролазили неколико километара од Бедингена, село је у почетку задржало свој пољопривредни карактер чак и после доба индустријализације.

Структура села се дубоко променила након оснивања Рајхсверке Херман Геринг 1937. године, изградњом око 15 километара дугог споредног канала и луке. Сељаци су пресељени, а канал је прекинуо некадашњу директну везу са суседним заједницама Уфинген, Сауинген и Блекенштет.

Ипак, број становника је непрекидно растао од 1938. године, достигавши врхунац од 1.340 у 1951. години након доласка избеглица и расељених лица. Иако је још увек у 1950-им годинама преко канала саобраћао само трајект, изградњом пешачког моста 1964. године побољшане су транспортне везе Бедингена. 1972. године, изградњом Индустријске улице Север, коначно је изграђен мост за моторни саобраћај преко канала.

Данас је округ Бединген познат изван региона пре свега као локација једног од највећих унутрашњих лука Доњег Сахара. Овде се годишње рукује преко 1,5 милиона тона робе, а локација је карактерисана модерним објектима за руковање у луци. Каналско село, које је део насеља Нордост, дом је мешавине великих и малих комерцијалних предузећа, а још двојица пољопривредника тамо послују.