Въпреки че според по-стари изследвания първото споменаване е през 1174 г. и е възможно да произлиза от старосаксонския термин bom за Baum, съвременните изследвания на топонимията отхвърлят това. То приема първото споменаване като Benem в папски документ от 1209 г., в който се потвърждават владенията и привилегиите на манастира Рингелхайм, и подкрепя производното от личното име Baio.

Археологическите източници дават представа за времена, от които не са оцелели писмени източници. Неолитно землено съоръжение, датиращо от няколко хилядолетия, е оставило следи на полето в областта Бейнум, които все още могат да бъдат разпознати от въздуха. По време на строителството на пътя между Бейнум и Калбехт през 80-те години на XIX в. е намерена римска сребърна монета с портрет на Марк Аврелий.

През 1548 г. службата Либенбург, към която принадлежи Беинюм, е съставила регистър на наследствата, който дава представа за местните условия: по това време Беинюм е имал 31 земеделски стопанства. Осемте обработваеми стопанства са обработвали до 120 декара обработваема земя, ливади и гори, докато 23-те торни стопанства са разполагали само с до 25 декара земя.

В началото на XIX век политическата принадлежност на Beinum често се променя. През 1803 г. хохщафтът Хилдесхайм е ликвидиран и първоначално Бейнум принадлежи на Прусия, която пада под властта на Наполеон през 1806 г. и губи половината от територията си. До 1813 г. Бейнум принадлежи на Вестфалското кралство, оглавявано от Жером, най-малкия брат на Наполеон. През 1815 г. територията на бившето княжеско епископство е окончателно присъдена на Кралство Хановер. На 1 април 1942 г. Бейнум, който от 1885 г. принадлежи към окръг Гослар, става част от новообразувания град Ватенщедт-Залцгитер.

През пролетта на 1938 г. южно от Бейнум е създаден лагер, в който първоначално са настанени около 200 работници от околните рудни шахти. През лятото на 1940 г. той е превърнат в лагер за военнопленници, в който до края на войната са интернирани съветски военнопленници. През ноември 1947 г. лагерът е изоставен и до голяма степен разрушен.

Днес в района, който е част от село Зюдост и все още се характеризира със селско стопанство, живеят малко под 500 души, има добре функционираща селска общност и оживен клубен живот.