Alors que les anciennes recherches considéraient comme possible une première mention en 1174 et une dérivation du terme saxon ancien bom pour Baum, la recherche contemporaine en toponymie rejette cette hypothèse. Elle part de l'hypothèse d'une première mention de Benem dans un document pontifical de 1209, dans lequel le monastère de Ringelheim se voit confirmer des possessions et des privilèges, et privilégie une dérivation d'un nom de personne Baio.
Les sources archéologiques permettent de se faire une idée des époques pour lesquelles aucune source écrite n'a été conservée. Un ouvrage en terre datant du néolithique et vieux de plusieurs millénaires a laissé des traces visibles depuis les airs dans un champ situé dans le district de Beinum. Lors de travaux de construction de chemins entre Beinum et Calbecht, une pièce de monnaie romaine en argent représentant le portrait de Marc Aurèle a été découverte dans les années 1880.
L'administration de Liebenburg, à laquelle appartenait Beinum, a fait établir en 1548 un registre des successions qui permet de se faire une idée de la situation sur place : Beinum comptait à cette époque 31 fermes. Les huit fermes cultivaient jusqu'à 120 hectares de terres, de prés et de forêts, tandis que les 23 fermes d'élevage ne disposaient que de 25 hectares de terres.
Au début du 19e siècle, l'appartenance politique de Beinum a souvent changé. En 1803, le Haut-Evêché de Hildesheim fut supprimé et Beinum fit d'abord partie de la Prusse, qui fut vaincue par Napoléon en 1806 et perdit la moitié de son territoire. Jusqu'en 1813, Beinum fit partie du royaume de Westphalie, à la tête duquel se trouvait Jérôme, le plus jeune frère de Napoléon. En 1815, le territoire de l'ancien évêché princier fut définitivement attribué au royaume de Hanovre. Le 1er avril 1942, Beinum, qui faisait partie du district de Goslar depuis 1885, devint une partie de la ville nouvellement formée de Watenstedt-Salzgitter.
Au sud de Beinum, un camp fut construit au printemps 1938, dans lequel furent d'abord logés environ 200 ouvriers des puits de minerai environnants. En été 1940, il a été transformé en camp de prisonniers de guerre, dans lequel des prisonniers de guerre soviétiques ont été internés jusqu'à la fin de la guerre. En novembre 1947, le camp a été abandonné et en grande partie démoli.
Aujourd'hui, près de 500 personnes vivent dans ce quartier appartenant à la localité de Südost, qui est encore plutôt agricole et dispose d'une communauté villageoise qui fonctionne bien et d'une vie associative animée.