Podczas gdy starsze badania uznawały pierwszą wzmiankę w 1174 r. i derywację od starosaksońskiego terminu bom dla Baum za możliwe, współczesne badania nad nazwami miejscowości odrzucają to. Zakładają one pierwszą wzmiankę jako Benem w dokumencie papieskim z 1209 r., w którym potwierdzono posiadłości i przywileje klasztoru Ringelheim, i faworyzują pochodną od nazwy osobowej Baio.

Źródła archeologiczne zapewniają wgląd w czasy, z których nie zachowały się żadne źródła pisane. Neolityczny wał ziemny datowany na kilka tysiącleci pozostawił ślady na polu w dzielnicy Beinum, które wciąż można rozpoznać z powietrza. Podczas budowy drogi między Beinum i Calbecht w latach osiemdziesiątych XIX wieku znaleziono rzymską srebrną monetę przedstawiającą portret Marka Aureliusza.

Urząd Liebenburg, do którego należało Beinum, sporządził w 1548 r. rejestr spadkowy, który daje wgląd w lokalne warunki: Beinum miało wówczas 31 gospodarstw rolnych. Osiem gospodarstw rolnych uprawiało do 120 akrów ziemi uprawnej, łąk i lasów, podczas gdy 23 gospodarstwa gnojowe miały do dyspozycji tylko do 25 akrów ziemi.

Na początku XIX wieku przynależność polityczna Beinum często się zmieniała. W 1803 r. Hochstift Hildesheim został zniesiony, a Beinum początkowo należało do Prus, które w 1806 r. uległy Napoleonowi i straciły połowę swojego terytorium. Do 1813 r. Beinum należało do Królestwa Westfalii, na czele którego stał José, najmłodszy brat Napoleona. W 1815 r. terytorium dawnego księstwa-biskupstwa zostało ostatecznie przyznane Królestwu Hanoweru. 1 kwietnia 1942 r. Beinum, które od 1885 r. należało do powiatu Goslar, stało się częścią nowo utworzonego miasta Watenstedt-Salzgitter.

Wiosną 1938 r. na południe od Beinum założono obóz, w którym początkowo przebywało około 200 robotników z okolicznych szybów rudnych. Latem 1940 r. przekształcono go w obóz jeniecki, w którym do końca wojny przetrzymywano radzieckich jeńców wojennych. W listopadzie 1947 r. obóz został opuszczony i w dużej mierze rozebrany.

Dziś w dzielnicy, która jest częścią wioski Südost, mieszka mniej niż 500 osób i nadal charakteryzuje się rolnictwem oraz dobrze funkcjonującą społecznością wiejską i ożywionym życiem klubowym.