Първите следи от заселване датират от времето около раждането на Христос: малко по на запад от днешното село, на брега на потока Холцриде, при няколко разкопки през 50-те години на миналия век е открито селище от времето на Римската империя и състезателна пещ, което доказва, че желязната руда се е обработвала в региона още през трети век след Христа.
Първоначално Лобмахтерсен принадлежи към окръг Лихтенберг, който през XV в. е един от най-големите окръзи в Княжество Брауншвайг-Волфенбютел с общо 27 села. През 1542 г. Лобмахтерсен и съседните села Калбехт и Лейнде са причислени към службата Гебхардсхаген. Първите сведения за жителите на селото датират от това време. В регистъра на наследствата на канцеларията Гебхардсхаген от 1548 г. за първи път се споменават поименно собствениците на шестте обработваеми стопанства, две полукошари и 33 землища.
В средата на XIX в. индустриализацията променя облика на Лобмахтерсен. Още през 1849 г. в западния край на селото е построена тухларна, която експлоатира глинените залежи, а през 1870 г. - още една тухларна, която продължава да работи и през 20. век. Лобмахтерсен е и единственият квартал в Залцгитер, който може да се похвали със собствена водонапорна кула: през 1928 г. е построена водонапорна станция с кула и пръстен, която работи до 1982 г. Днес почти 30-метровата водонапорна кула е забележителност на квартала с население малко над 800 души и се поддържа от сдружение за подпомагане.
Създаването на Райхсверке Херман Гьоринг първоначално не оказва пряко влияние върху Лобмахтерсен, който на 1 април 1942 г. е включен в новообразувания град Ватенщедт-Залцгитер. Следвоенният период в Лобмахтерсен се характеризира и с трудностите, свързани с необходимостта от настаняване на голям брой бежанци и разселени лица: населението почти се удвоява, положението с продоволствието е трудно и в покрайнините на селото са обособени малки парцели земя за отглеждане на зеленчуци и картофи.
Днес социалният живот в района се характеризира с различни клубове и групи. Освен сдружението за популяризиране на водната кула, важна роля играят доброволческата пожарна команда, хоровото дружество Machterscher Kontrapunkt и Kyffhäuser.
