Jeśli dołączysz lub ponownie dołączysz do wspólnoty religijnej pobierającej podatki, musisz zapłacić podatek kościelny zgodnie z przepisami podatkowymi krajów związkowych jako dopłatę do podatku dochodowego lub podatku od wynagrodzenia (podatek kościelny od wynagrodzenia). Pracodawca musi zatem potrącać z wynagrodzenia pracownika nie tylko podatek dochodowy, ale także podatek kościelny i odprowadzać go do urzędu skarbowego przy każdej wypłacie wynagrodzenia. Odpowiednia procedura potrącania kościelnego podatku dochodowego jest w dużej mierze zautomatyzowana. W związku z tym, po zadeklarowaniu zatrudnienia, zasadniczo nie musisz robić nic więcej, aby wypełnić swoje obowiązki w zakresie podatku kościelnego.

Wspólnoty religijne same regulują, w jaki sposób i w jakiej organizacji należy zadeklarować członkostwo w kościele. Przynależność kościelna jest rejestrowana przez organy rejestracyjne krajów związkowych i może być zmieniona tylko przez nie. Organy podatkowe nie mają na to wpływu. Jest to ważne na przykład w przypadku, gdy urzędy mają nieprawidłowe dane.

Organy rejestracyjne informują Federalny Centralny Urząd Skarbowy (BZSt) o wszelkich zmianach w przynależności kościelnej i odpowiedniej dacie. BZSt przechowuje elektroniczne funkcje odliczeń od podatku od wynagrodzeń (ELStAM) w bazie danych. Przechowywane dane obejmują również funkcje odliczania podatku kościelnego.

BZSt bezpłatnie udostępnia ELStAM pracodawcy do automatycznego pobierania. ELStAM ma decydujące znaczenie dla potrącania podatku kościelnego przez pracodawcę w procedurze odliczania podatku, tj. pracodawca jest nim związany i nie musi sprawdzać kwestii zobowiązania z tytułu podatku kościelnego.