Топонимът Бетинген се появява за първи път в списък на манастирските владения, съставен от монаха от Фулда Еберхард през втората половина на XII в.(CodexEberhardi). Изследванията показват, че документът, чийто оригинал не е запазен, е написан между 780 и 802 г.

През Средновековието и ранното съвремие Бединген играе важна роля като седалище на правосъдието в окръг Волфенбютел, който отговаря за почти 20 съседни села. По време на съдебните заседания, провеждани в Бединген няколко пъти годишно, са разглеждани престъпления срещу поземлената повинност, нарушения на противопожарните разпоредби, кражби, а също и гражданскоправни въпроси като брачни и покупко-продажбени договори.

Записите в регистрите за наследство от XVI в. дават първоначална представа за това как е бил организиран Бединген по това време. Със своите четири обработваеми стопанства, три полупровинциални стопанства и 52 двора за тор Beddingen е било едно от по-големите села в Residenzamt Wolfenbüttel.

Тъй като в края на XIX в. надрегионалните свързващи пътища и железопътните линии минават на няколко километра от Beddingen, селото първоначално остава земеделско дори и след епохата на индустриализацията.

Структурата на селището се променя значително след основаването на Райхсверке Херман Гьоринг през 1937 г. с изграждането на дългия около 15 км канал и пристанището. Фермерите са преместени, а каналът прекъсва някогашната пряка връзка със съседните общини Юфинген, Зауинген и Блекенщедт.

Въпреки това броят на жителите нараства непрекъснато от 1938 г. насам и достига своя връх през 1951 г. - 1340 души, поради приемането на бежанци и разселени лица. Въпреки че през 50-те години на ХХ в. през канала е имало само ферибот, изграждането на пешеходния мост през 1964 г. подобрява инфраструктурата на Бединген. През 1972 г. над канала най-накрая е построен мост за движение на автомобили с изграждането на улица Industriestraße Nord.

Днес област Бединген е известна извън региона като мястото, където се намира едно от най-големите вътрешни пристанища в Долна Саксония. Всяка година тук се обработват над 1,5 млн. тона товари, а мястото се характеризира с модерни пристанищни съоръжения за обработка на товари. В селището с канали, което принадлежи към североизточната част на града, се намират по-големи и по-малки предприятия и двама земеделски производители.