Bettingen yer adı ilk olarak 12. yüzyılın ikinci yarısında Fulda keşişi Eberhard tarafından derlenen manastıra ait malların listesinde (CodexEberhardi) geçmektedir. Araştırmalar, orijinali günümüze ulaşmamış olan bu belgenin 780 ile 802 yılları arasında yazıldığını göstermektedir.

Orta Çağ'da ve modern zamanların başlarında Beddingen, yaklaşık 20 komşu köyden sorumlu olan Wolfenbüttel bölgesinin adalet merkezi olarak önemli bir rol oynamıştır. Beddingen'de yılda birkaç kez yapılan mahkeme oturumlarında, arazi yükümlülüğüne karşı işlenen suçlar, yangın yönetmeliği ihlalleri, hırsızlıklar ve ayrıca evlilik ve satın alma sözleşmeleri gibi medeni hukuk konuları dinlenirdi.

XVI. yüzyıla ait miras defterlerindeki kayıtlar, Beddingen'in o dönemde nasıl örgütlendiğine dair ilk fikirleri vermektedir. Dört ekilebilir çiftlik, üç yarım açıklıklı çiftlik ve 52 gübrelik ile Beddingen, Residenzamt Wolfenbüttel'deki en büyük köylerden biriydi.

Bölgeler üstü bağlantı yolları ve demiryolu hatları 19. yüzyılın sonunda Beddingen'den birkaç kilometre uzağa uzandığından, köy sanayileşme çağından sonra bile başlangıçta tarımsal kalmıştır.

Köyün yapısı, 1937 yılında Reichswerke Hermann Göring'in kurulmasından sonra yaklaşık 15 kilometre uzunluğundaki yan kanalın ve limanın inşasıyla büyük ölçüde değişmiştir. Çiftçilerin yerleri değiştirildi ve bir zamanlar Üfingen, Sauingen ve Bleckenstedt gibi komşu topluluklarla olan doğrudan bağlantı kanal tarafından kesildi.

Buna rağmen, 1938'den itibaren sakinlerin sayısı düzenli olarak artmış ve 1951'de mültecilerin ve yerinden edilmiş kişilerin kabulü nedeniyle 1.340 kişi ile zirveye ulaşmıştır. 1950'lerde kanal boyunca sadece bir feribot hizmeti varken, 1964 yılında yaya köprüsünün inşa edilmesi Beddingen'in altyapısını geliştirmiştir. Nihayet 1972 yılında Industriestraße Nord'un inşasıyla kanal üzerine araç trafiği için bir köprü inşa edilmiştir.

Bugün Beddingen bölgesi, Aşağı Saksonya'daki en büyük iç limanlardan birinin bulunduğu yer olarak bölge dışında da tanınmaktadır. Burada her yıl 1,5 milyon tondan fazla mal elleçlenmekte ve modern liman elleçleme tesisleriyle öne çıkmaktadır. Kentin kuzey doğusunda yer alan kanal köyü, irili ufaklı işletmelere ve iki çiftçiye ev sahipliği yapmaktadır.