Nazwa miejscowości Bettingen po raz pierwszy pojawia się w spisie posiadłości klasztoru sporządzonym przez mnicha Eberharda z Fuldy w drugiej połowie XII wieku(Codex Eberhardi). Badania sugerują, że dokument, którego oryginał nie przetrwał, został napisany między 780 a 802 rokiem.

W średniowieczu i wczesnych czasach nowożytnych Beddingen odgrywało ważną rolę jako siedziba wymiaru sprawiedliwości w okręgu Wolfenbüttel, który odpowiadał za prawie 20 sąsiednich wiosek. Na sesjach sądowych odbywających się w Beddingen kilka razy w roku rozpatrywano wykroczenia przeciwko obowiązkowi posiadania ziemi, naruszenia przepisów przeciwpożarowych, kradzieże, a także sprawy cywilnoprawne, takie jak umowy małżeńskie i kupna-sprzedaży.

Zapisy w rejestrach spadkowych z XVI wieku dają wstępny obraz organizacji Beddingen w tamtym czasie. Z czterema gospodarstwami ornymi, trzema półłanami i 52 gnojowiskami, Beddingen było jedną z większych wsi w Residenzamt Wolfenbüttel.

Ponieważ ponadregionalne drogi łączące i linie kolejowe przebiegały kilka kilometrów od Beddingen pod koniec XIX wieku, wieś początkowo pozostała rolnicza nawet po epoce industrializacji.

Struktura wsi zmieniła się gruntownie po założeniu Reichswerke Hermann Göring w 1937 r. wraz z budową około 15-kilometrowego kanału i portu. Rolnicy zostali przesiedleni, a niegdyś bezpośrednie połączenie z sąsiednimi gminami Üfingen, Sauingen i Bleckenstedt zostało przerwane przez kanał.

Niemniej jednak liczba mieszkańców stale rosła od 1938 r. i osiągnęła szczyt w 1951 r. na poziomie 1 340 osób z powodu przyjęcia uchodźców i przesiedleńców. Podczas gdy w latach 50. istniało tylko połączenie promowe przez kanał, budowa mostu dla pieszych w 1964 r. poprawiła infrastrukturę Beddingen. W 1972 roku, wraz z budową Industriestraße Nord, nad kanałem powstał most dla ruchu samochodowego.

Obecnie dzielnica Beddingen jest znana poza regionem jako lokalizacja jednego z największych portów śródlądowych w Dolnej Saksonii. Każdego roku przeładowuje się tu ponad 1,5 miliona ton towarów, a lokalizacja charakteryzuje się nowoczesnymi portowymi urządzeniami przeładunkowymi. Wioska nad kanałem, która znajduje się na północny wschód od miasta, jest domem dla większych i mniejszych firm oraz dwóch rolników.