Toponimul Bettingen apare pentru prima dată într-o listă a posesiunilor mănăstirii, întocmită de călugărul din Fulda Eberhard în a doua jumătate a secolului al XII-lea(Codex Eberhardi). Cercetările sugerează că documentul, al cărui original nu a supraviețuit, a fost scris între anii 780 și 802.

În Evul Mediu și la începutul epocii moderne, Beddingen a jucat un rol important ca sediu al justiției în districtul Wolfenbüttel, care era responsabil pentru aproape 20 de sate învecinate. În cadrul ședințelor de judecată care aveau loc la Beddingen de mai multe ori pe an, se judecau infracțiuni împotriva obligațiilor funciare, încălcări ale regulilor privind incendiile, furturi, precum și chestiuni de drept civil, cum ar fi contractele de căsătorie și de cumpărare.

Înregistrările din registrele de moștenire din secolul al XVI-lea oferă o primă idee despre modul în care Beddingen era organizat la acea vreme. Cu patru ferme arabile, trei ferme cu jumătate de suprafață și 52 de depozite de bălegar, Beddingen era unul dintre cele mai mari sate din Residenzamt Wolfenbüttel.

Având în vedere că, la sfârșitul secolului al XIX-lea, drumurile de legătură supraregionale și liniile de cale ferată se aflau la câțiva kilometri distanță de Beddingen, satul a rămas inițial agricol chiar și după epoca industrializării.

Structura satului s-a schimbat profund după înființarea Reichswerke Hermann Göring în 1937, odată cu construirea canalului secundar lung de aproximativ 15 kilometri și a portului. Fermierii au fost relocalizați, iar legătura directă cu comunitățile învecinate Üfingen, Sauingen și Bleckenstedt a fost întreruptă de canal.

Cu toate acestea, numărul locuitorilor a crescut constant începând din 1938 și a atins un maxim de 1 340 în 1951, datorită primirii de refugiați și persoane strămutate. Deși în anii 1950 exista doar un serviciu de feribot care traversa canalul, construcția podului pietonal în 1964 a îmbunătățit infrastructura orașului Beddingen. În 1972, un pod pentru traficul auto a fost în sfârșit construit peste canal, odată cu construirea Industriestraße Nord.

Astăzi, districtul Beddingen este cunoscut în afara regiunii ca fiind locul unde se află unul dintre cele mai mari porturi interioare din Saxonia Inferioară. Peste 1,5 milioane de tone de mărfuri sunt manipulate aici în fiecare an, iar locația este caracterizată de facilități moderne de manipulare portuară. Satul canalului, care aparține de nord-estul orașului, găzduiește întreprinderi mari și mici și doi fermieri.