Le nom de la localité de Bettingen apparaît pour la première fois dans un inventaire des possessions du monastère(Codex Eberhardi) établi par le moine Eberhard de Fulda dans la deuxième moitié du 12e siècle. La recherche suppose une période de création entre 780 et 802 pour ce document dont l'original n'a pas été conservé.

Au Moyen-Âge et au début des temps modernes, Beddingen jouait un rôle important en tant que siège du tribunal de l'office de Wolfenbüttel, qui était compétent pour près de 20 villages environnants. Lors des journées de justice qui se tenaient plusieurs fois par an à Beddingen, les délits contre l'obligation de parcourir les terres, les infractions aux ordonnances sur les incendies, les vols, mais aussi les affaires de droit civil telles que les contrats de mariage et de vente étaient jugés.

Les inscriptions dans les registres des successions du 16e siècle donnent une première idée de la structure de Beddingen à l'époque. Avec quatre fermes, trois fermes à mi-chemin et 52 fermes à crottin, Beddingen faisait partie des plus grands villages de la résidence de Wolfenbüttel.

Comme les routes de liaison suprarégionales et les lignes de chemin de fer passaient à plusieurs kilomètres de Beddingen à la fin du 19e siècle, le village est resté dans un premier temps marqué par l'agriculture, même après l'ère de l'industrialisation.

La structure du village a été profondément modifiée après la création de la Reichswerke Hermann Göring en 1937, avec la construction du canal d'embranchement d'environ 15 kilomètres et du port. Les agriculteurs ont été déplacés, la liaison autrefois directe avec les communes voisines d'Üfingen, Sauingen et Bleckenstedt a été coupée par le canal.

Pourtant, le nombre d'habitants n'a cessé d'augmenter depuis 1938 et a atteint son apogée en 1951 avec 1.340 personnes suite à l'accueil de réfugiés et de personnes déplacées. Alors que dans les années 1950, il n'existait encore qu'un service de bacs sur le canal, la construction d'une passerelle en 1964 a amélioré le raccordement infrastructurel de Beddingen. En 1972, avec la construction de la route industrielle nord, un pont pour la circulation automobile fut finalement construit au-dessus du canal.

Aujourd'hui, le quartier de Beddingen est surtout connu au niveau suprarégional pour être le siège de l'un des plus grands ports intérieurs de Basse-Saxe. Plus de 1,5 million de tonnes de marchandises y sont transbordées chaque année et des installations de transbordement portuaires modernes caractérisent le site. Dans le village de canaux appartenant à la localité du nord-est, des entreprises commerciales plus ou moins importantes sont implantées et deux agriculteurs sont encore actifs.