Топонім Беттінген вперше з'являється у переліку володінь монастиря, складеному фульдським монахом Ебергардом у другій половині 12 століття (CodexEberhardi). Дослідження показують, що документ, оригінал якого не зберігся, був написаний між 780 і 802 роками.

У середньовіччі та ранньому новому часі Беддінген відігравав важливу роль як місце правосуддя в окрузі Вольфенбюттель, який відповідав за майже 20 сусідніх сіл. На судових засіданнях, що відбувалися в Беддінгені кілька разів на рік, розглядалися справи про земельні правопорушення, порушення протипожежних правил, крадіжки, а також цивільні справи, такі як шлюбні контракти та договори купівлі-продажу.

Записи у спадкових реєстрах 16 століття дають початкове уявлення про те, як було організовано Беддінген у той час. З чотирма орними фермами, трьома напівпролітними фермами і 52 гнойовими дворами Беддінген був одним з найбільших сіл резиденції Вольфенбюттель.

Оскільки наприкінці 19 століття надрегіональні сполучні дороги та залізничні колії проходили за кілька кілометрів від Беддінгена, село спочатку залишалося сільськогосподарським, навіть після епохи індустріалізації.

Структура села докорінно змінилася після заснування рейхсверу Германа Герінга у 1937 році, коли було збудовано приблизно 15-кілометровий відгалуження каналу та гавань. Фермерів переселили, а колись прямий зв'язок із сусідніми громадами Уфінген, Зауінген і Блекенштедт був розірваний каналом.

Незважаючи на це, кількість мешканців постійно зростала з 1938 року і досягла піку в 1951 році на рівні 1 340 осіб завдяки прибуттю біженців та переміщених осіб. Хоча в 1950-х роках через канал курсував лише пором, будівництво пішохідного мосту в 1964 році покращило інфраструктуру Беддінгена. У 1972 році над каналом нарешті з'явився міст для автомобільного руху з будівництвом Північної Індустріальної вулиці (Industriestraße Nord).

Сьогодні район Беддінген відомий за межами регіону як місце розташування однієї з найбільших внутрішніх гаваней Нижньої Саксонії. Щорічно тут обробляється понад 1,5 мільйона тонн вантажів, а місцевість характеризується сучасними портовими перевантажувальними спорудами. У приканальному селищі, що знаходиться на північному сході міста, мешкають великі та малі підприємства, а також два фермери.