Название города Беттинген впервые появляется в списке монастырских владений, составленном монахом из Фульды Эберхардом во второй половине XII века(Codex Eberhardi). Исследования показывают, что этот документ, оригинал которого не сохранился, был написан между 780 и 802 годами.

В средние века и в начале нового времени Беддинген играл важную роль как место отправления правосудия в округе Вольфенбюттель, в ведении которого находилось почти 20 соседних деревень. На судебных заседаниях, проходивших в Беддингене несколько раз в год, рассматривались правонарушения, связанные с земельными обязательствами, нарушениями правил пожарной безопасности, кражами, а также гражданско-правовые дела, такие как брачные контракты и договоры купли-продажи.

Записи в наследственных реестрах XVI века дают первоначальное представление о том, как был устроен Беддинген в то время. С четырьмя пахотными, тремя полупахотными и 52 навозными дворами Беддинген был одной из самых больших деревень в резидентстве Вольфенбюттель.

Поскольку в конце XIX века надрегиональные соединительные дороги и железнодорожные линии проходили в нескольких километрах от Беддингена, деревня изначально оставалась сельскохозяйственной даже в эпоху индустриализации.

Структура деревни сильно изменилась после основания рейхсверка Германа Геринга в 1937 году, когда были построены 15-километровый канал и гавань. Фермеры были переселены, а бывшая прямая связь с соседними общинами Юфинген, Зауинген и Блекенштедт была прервана каналом.

Тем не менее, число жителей с 1938 года постоянно росло и достигло максимума в 1951 году - 1 340 человек за счет приема беженцев и перемещенных лиц. Если в 1950-х годах через канал ходил только паром, то строительство пешеходного моста в 1964 году улучшило инфраструктуру Беддингена. В 1972 году через канал был построен мост для автомобильного движения, в результате чего была построена улица Industriestraße Nord.

Сегодня район Беддинген известен за пределами региона как место расположения одной из крупнейших внутренних гаваней Нижней Саксонии. Ежегодно здесь переваливается более 1,5 миллиона тонн грузов, а сам район характеризуется современным портовым оборудованием. В деревне на канале, расположенной к северо-востоку от города, живут крупные и мелкие предприятия и два фермера.