Името на селището идва от съседното село и днешния окръг Гитер (споменато за първи път през 1347 г. като up dem solte to Gytere). Има много основания да се предполага, че през Средновековието Залцгитер е имал градски права, но няма ясни изворови данни.
След края на колегиалния феод в Хилдесхайм през 1523 г. Залцгитер става част от Брунсуик. По-късно Залцгитер принадлежи към епархията Хилдесхайм. Когато през 1803 г. е предаден на Прусия, градските права са потвърдени, но са отнети отново през 1815 г., когато Залцгитер е включен в Кралство Хановер. През 1830 г. в Залцгитер е създадена солна баня.
С преминаването на Кралство Хановер към Прусия (провинция Хановер) през 1866 г. Залцгитер става пруска община, която през 1929 г. отново получава градски права. Преди това са присъединени селището Ворсалц ( 1926 г.) и районът на солниците Либенхал (1928 г.). Градът е принадлежал към окръг Гослар и освен центъра Залцгитер е включвал и някои малки селища, които днес вече не могат да бъдат определени, като например Гиттертор. Село Книстедт е присъединено през 1936 г.
Поради изключително големите залежи на желязна руда в Залцгитер, за които се споменава за първи път още през 1310 г., през 1937 г. националсоциалистите основават Reichswerke-AG (Hermann Göring Werke) за добив на руда и железодобив. През 1938 г. е присъединена и съседната община Гитър. За да може заводът да се развива добре в икономическо отношение, е необходима стандартизирана административна структура за цялата област.
Ето защо в съответствие с наредбата от 1941 г. за териториални промени в района на Hermann-Göring-Werke Salzgitter от 1 април 1942 г. е създаден единен градски район (самостоятелен град). За тази цел град Залцгитер и общините Бейнум, Флахщокхайм, Грос-Махнер, Хоенроде, Олендорф и Рингелхайм, които също са принадлежали към окръг Гослар, както и 21 общини, принадлежащи към окръг Брауншвайг, Волфенбютел, са обединени в градски окръг Ватенщедт-Залцгитер.
През 1951 г. градът е преименуван на "Залцгитер", а бившият окръг Залцгитер получава името "Бад" ("Salzgitter-Bad") заради намиращите се там солени бани. Днес Thermalsolbad и павилионът за дипломиране в розариума са знак за богатата солна вода.
