Свое название поселение получило от соседней деревни и современного района Гиттер (впервые упоминается в 1347 году как Up dem Solte to Gytere). Есть много оснований предполагать, что в Средние века Зальцгиттер обладал городскими правами, но четких источников нет.
После окончания Хильдесхаймской коллегии Зальцгиттер стал частью Брауншвейга в 1523 году. Позже Зальцгиттер входил в состав Хильдесхаймской епархии. Когда в 1803 году город перешел к Пруссии, городские права были подтверждены, но в 1815 году, когда Зальцгиттер был включен в состав Ганноверского королевства, они были вновь отменены. В 1830 году в Зальцгиттере была основана рассольная купальня.
После перехода Ганноверского королевства в состав Пруссии (провинция Ганновер) в 1866 году Зальцгиттер стал прусской коммуной, которой в 1929 году вновь были предоставлены городские права. До этого в состав города были включены поселение Ворзальц (1926) и район солеварни Либенхалль (1928). Город относился к району Гослар и, помимо центра Зальцгиттера, включал в себя несколько небольших поселений, которые сегодня уже не поддаются определению, например, Гиттертор. Деревня Кништедт была включена в состав города в 1936 году.
Благодаря чрезвычайно крупным залежам железной руды в Зальцгиттере, которые впервые упоминаются еще в 1310 году, в 1937 году национал-социалисты основали Рейхсверке-АГ (Hermann Göring Werke) для добычи руды и производства железа. В 1938 году была присоединена соседняя коммуна Гиттер. Для экономического развития предприятия требовалась стандартная административная структура для всего района.
Поэтому в соответствии с постановлением 1941 года о территориальных изменениях в районе завода "Герман-Геринг-Верке Зальцгиттер" с 1 апреля 1942 года был образован единый городской округ (самостоятельный город). С этой целью город Зальцгиттер и муниципалитеты Бейнум, Флахстекхайм, Грос-Манер, Хоэнроде, Олендорф и Рингельхайм, которые также входили в округ Гослар, а также 21 муниципалитет, входящий в округ Брауншвейг Вольфенбюттель, были объединены в городской округ Ватенштедт - Зальцгиттер.
В 1951 году город был переименован в Зальцгиттер, а бывший район Зальцгиттер получил название Бад ("Зальцгиттер-Бад") из-за расположенных здесь рапных ванн. Сегодня о богатом рассоле свидетельствуют Thermalsolbad и выпускной павильон в розарии.
